根据临床表现制定治疗方案
临床医生应该根据CD的严重程度、病变部位、肠外表现及并发症，制定治疗方案。糖皮质激素布地奈德治疗轻至中度回结肠型CD有较好疗效，轻度结肠型或回结肠型CD可考虑5-氨基水杨酸（5-ASA），中至重度CD的治疗一般首选糖皮质激素。
临床医生还应该根据治疗反应和患者对药物的耐受调整治疗方案。激素治疗无效或激素依赖者需加用免疫抑制剂如硫唑嘌呤，如仍然无效，则需要进行手术评估或试用英夫利昔单抗。
如何应用糖皮质激素及免疫抑制剂
尽管糖皮质激素对活动性CD有明确疗效，但是约有1/3~2/3患者治疗无效或发生激素依赖。长期使用激素不但不能改变患者的自然病程，还会发生很多不良反应。
对激素无效或激素依赖的CD患者，可加用硫唑嘌呤或6-巯基嘌呤（6-MP），若仍无效或不耐受可改用甲氨蝶呤（MTX）。经加用免疫抑制剂治疗后，部分患者可减少激素用量乃至停用激素。但是临床医生应注意，免疫抑制剂起效慢，需要3个月或更长时间才能判断疗效，而且有发生如骨髓抑制等不良反应的危险，对有必要使用者可在严密监测下使用。
氨基水杨酸制剂疗效有限
既往认为氨基水杨酸制剂对活动性回肠型、回结肠型及结肠型CD有效，但是，近年的荟萃分析显示，氨基水杨酸制剂仅适用于轻-中度结肠型CD和轻度回结肠型CD，而且应用时剂量要足。
英夫利昔单抗的疗效
近年的临床试验肯定了英夫利昔单抗对CD的疗效，其优势主要是治疗顽固性CD（激素联合免疫抑制剂治疗无效或仍然有激素依赖）可能有效，且可以使肠道病变明显减轻或愈合。
强调缓解期的维持治疗
CD复发率高，特别是由激素诱导的缓解非常容易复发。使用糖皮质激素诱导缓解时，即应加用硫唑嘌呤或6-MP，并在取得缓解后继续应用以维持缓解，这是CD缓解期维持治疗的关键。
选择合适的手术时机
临床工作中，CD患者仍主要接受内科治疗，但是部分患者在疾病过程中药物治疗会失去作用，因此在进行内科治疗过程中要随时评估手术的价值和风险，使患者能在最合适的时间接受最有效的手术治疗。
